Bedehuskirken har sitt utspring fra bedehuset Saron og hører til i Indremisjonsforbundet. Saron ble innviet 9.juni 1878 av Lars Oftedal. Bedehuskirken ble stiftet på Bryne i 1921, men fikk ikke dagnes navn før i 2013. Navneendring var et resultatet av en lang rekke endringer og fornyelse av arbeidet fra midten av 1990-årene.
Kort fortalt er Bedehuskirken i dag et blomstrende ungdomsarbeid som er blitt voksent. På midten av 2000-tallet hadde ungdomsarbeidet gått gjennom en stor endring i form og uttrykk, og mange ungdommer hadde møtt Jesus til livsforvandling og etterfølgelse. I denne tiden prøvde man å være kirke sammen med ungdommer, og huskirker så dagens lys for første gang. På det meste var det ca 150 tenåringer i huskirker.
I 2006 ble det for første gang ansatt pastor, og prosessen med å endre selvforståelse fra en tradisjonell bedehusforening til å være en bevegelse av etterfølgere av Jesus startet. I dag fremstår Bedehuskirken på mange måter som en frimenighet, men er juridisk fremdeles en lokal forening tilsluttet Indremisjonsforbundet.